Episode 1

L'équipe du NCIS découvre enfin la vérité sur le grand secret de la saison précèdente. La bataille finale entre l'équipe de NCIS et un marchand d'arme insaisissable débouche sur une conclusion explosive et mortelle.

Episode 2

Un officier est en voiture pour se rendre à une fête lorsqu'il est heurté par un autre véhicule qui ne lui a pas cédé la priorité. Alors que l'officier se remet du choc contre l'airbag, il est abattu. Le NCIS arrive sur les lieux de ce qui semble être un accident et Ducky découvre rapidement le corps d'une jeune femme. Le marine excercait comme double-activité celle de strip-teaser. La team songe d'abord à un mari jaloux. Mais l'enquête se complique lorsque l'équipe découvre grâce à l'autopsie de Ducky, le kidnapping du bébé de la jeune femme, qui a accouché peu de temps avant d'être assassinée. Tony lui, a bien du mal à gérer ses sentiments pour Jeanne...

Episode 3

Le colonnel Mann est en charge d'enquêter sur le décès d'un capitaine des marines travaillant sous les ordres de l'armée à la DIA (Defence Intelligence Agency). Celui-ci fût retrouvé mort dans sa maison par sa femme et une de ses amies, qui n'est autre que la 3ème ex-femme de Gibbs. Le NCIS est autorisé à collaborer à l'enquête de Mann et de nombreuses pistes et suspects apparaissement rapidement, dont l'ex-femme de Gibbs. De son côté, Abby obtient l'aide dans ses recherches de la part d'un spécialiste en informatique de la DIA......

Episode 4

L'équipe enquête sur la mort d'un homme à l'identité inconnue. Sa mort était à l'origine classée dans les causes de décès naturelles mais lors d'une recherche sur cadavres, Ducky découvre qu'il a en fait été assassiné. L'homme trempait dans une sombre histoire d'effacement d'identité et d'autres choses. Ziva se lie avec une femme après une petite maladresse, cette femme est agent du FBI et travaille sous les ordres de Fornell. Fornell apparaît dans l'épisode...

Episode 5

Gibbs tente d'empêcher le marine Michael Arnett de sauter d'un building. En effet, celui-ci est soupçonné d'entretenir des liens avec des terroristes et veut en finir. Mais alors que Gibbs pense l'avoir raisonner, un coup de feu retentit et l'homme est assassiné. L'équipe doit donc enquêter sur sa mort et en même temps sur le marine. Pour en découvrir plus sur le jeune homme, Jenny et Gibbs s'entretiennent en vision-conférence avec l'agent du NCIS Wells, affectée en Syrie d'où revenait le jeune marine et également avec un agent d'Interpol. L'équipe rencontre également sa compagne, Dana, que l'équipe soupçonne d'être un agent dormant syrien...