Episode 6

L'équipe est héliportée en pleine mer sur un bateau de recherches naval top secret, la Chimera, pour enquêter sur la mort d'un membre d'équipage. A leur arrivée sur place, l'équipe découvre le bateau abandonné, et également un secret qui pourraient coûter leurs vies. Jenny se dispute avec le commandant de la mission du bateau. De son côté, Ziva est de plus en plus incollable sur le cinéma, au grand plaisir de Tony...

Episode 7
Gibbs reçoit une visite d'une personne de son passé: la meilleure amie de Kelly (sa fille décédée 15 ans plus tôt), qui est harcelée par un marine, lui demande de l'aide car elle pense qu'il est le seul à pouvoir l'aider. Il accepte et cette enquête est pouir lui aussi l'occasion de se replonger dans des souvenirs encore très douloureux et intenses en émotions. Mais cette affaire prend vite une tournure qui met en danger la vie d'un des membres de l'équipe...

Episode 8 
L'équipe enquête sur les meurtres d'un Amiral et du conducteur de son taxi. En effet, alors que le chauffeur conduisait l'amiral, le taxi a été attaqué par des hommes armés qui ont tirés à plusieurs reprises, tuant l'Amiral et le chauffeur. Le NCIS enquête immédiatement pour savoir si l'amiral était la cible de cette attaque. Mais l'enquête prend un autre tournant quand l'équipe rencontre l'épouse d'un réfugié politique africain qui est à la recherche de son mari disparu...

Episode 9 
Alors qu'il fait visiter le NCIS à un groupe d'enfants, McGee se rend dans le labo d'Abby. Celle-ci fait tester un matériel de prise d'empreintes digitales, et s'apperçoit que l'enfant est dans le fichier comme "enfant disparu". L'équipe s'occupe de l'affaire du jeune garçon de 9 ans: son père, un commando, a disparu et semble mêler à une vieille histoire de meurtre non résolue. Sa recherche mêne tout droit l'équipe dans le désert où ils découvrent la vérité très surprenante sur son passé...

Episode 10 
Un caporal des Marines qui souffre de stress post-traumatisque (il se croît toujours en Irak), s'échappe de l'hôpital dans lequel il séjournait et kidnappe un psychatre. L'équipe se charge de l'enquête mais cela devient rapidement dangeureux après une violente confrontation. En effet, l'équipe découvre que le soldat est la victime d'une expérimentation secrète afin de créer un "super soldat"...