Episode 11

L'équipe enquête sur la mort d'un Marine musulman retrouvé mort près de sa Mosquée. L'équipe interroge alors le père du jeune homme, qui est également l'Imam de cette Mosquée. McGee découvre que le FBI a un lien avec l'affaire: en effet, il découvre dans la Mosquée un micro du FBI, alors qu'il était lui même en train d'en poser un. Le FBI suspectait l'homme de recruter des terroristes. Leurs investigations sont stoppées lorsque Ducky décide de refuser l'autopsie du jeune homme, par respect envers les convictions religieuses de la famille...

Episode 12 
L'équipe du NCIS est chargée de retrouver le voleur d'un système de radar secret qui lui a été dérobé. Alors que l'équipe visionne des vidéos de surveillance, elle assiste au meurtre d'un homme. L'équipe cherche un lien entre les deux affaires. McGee est envoyé sous couverture sur le terrain...
De son côté, Tony aide la police de Washington dans une affaire de drogue qui a mal tourné et après des débuts difficiles, s'entend particulièrement bien avec la détective chargée de l'affaire...

Episode 13 
L'équipe enquête sur la mort d'un maître chien de la NAVY qui aurait été victime de l'attaque de son chien. Mcgee se fait lui aussi mordre et il a des blessures qui le prouvent. Abby, qui s'est vite attachée au chien, met sa carrière en jeu pour prouver l'innocence de celui-ci. De son côté, Gibbs s'interroge sur le secret que lui cache Jen...

Episode 14
Après la découverte du cadavre de la Grenouille, l'équipe entière est suspectée. Le FBI est chargé de mener une investigation au siège du NCIS. Jenny est le suspect n°1 dans l'affaire. C'est Fornell qui se charge de l'affaire et l'agent Wentworth est chargé de la surveillance de l'équipe.

Episode 15 
Le capitaine John Rankin est assassiné alors qu'il joue au basketball avec des petis iraquiens. Pour l'équipe, celà n'est pas une mort accidentelle d'un champs de bataille. Gibbs, Ziva et McGee se chargent des investigations à Washington et notamment de rencontrer la veuve, tandis que Tony et Nikki sont envoyés à Bagdad afin de découvrir ce qui s'est réellement passé. Le capitaine n'était pas seulement un réserviste de l'armée, il était aussi un brillant financier...